Al tratar las causas de la sequía es útil distinguir entre episodios breves de sequía que duran de 1 a 3 años y periodos prolongados en los que predomina la precipitación subnormal durante unos diez o más años, durante los cuales puede haber varios episodios de sequías intensas.
La causa próxima o inmediata del déficit en precipitación puede deberse a uno o más factores como la ausencia de humedad en la atmósfera, la subsidencia a gran escala (movimiento descendente del aire en la atmósfera) que suprime la acción convectiva, y la ausencia de sistemas cargados de lluvia. Los cambios en dichos factores se deben a cambios en los sistemas climatológicos desde el nivel local al regional y al global. Aunque es posible indicar la causa inmediata de la sequía meteorológica en una región dada, a menudo no es posible identificar la causa básica.
Con frecuencia pueden reconocerse las asociaciones entre los episodios a corto plazo y las fluctuaciones globales atmosféricas y oceánicas de otras partes del mundo. Es el caso del fenómeno El Niño/Oscilación Austral (ENSO).
En una escala mayor, también se ha propuesto como causa de las sequías prolongadas la relación entre las temperaturas superficiales del mar y la precipitación. También se ha propuesto entre las causas locales los cambios provocados por el hombre resultantes de la pérdida de la cubierta vegetal, consecuencia de la pastura excesiva y la deforestación. Tales cambios pueden involucrar mecanismos de retroalimentación "biogeofísica", es decir, una vez que comienzan se retroalimentan en sí mismos y perpetúan las condiciones de sequía.