FECYT persigue como fin fundacional fomentar el compromiso de la sociedad con la ciencia, la tecnología y la innovación como valor clave para su desarrollo y bienestar mediante acciones que promuevan la ciencia abierta e inclusiva, la cultura y la educación científicas, dando respuesta a las necesidades y retos del Sistema español de Ciencia, Tecnología e Innovación, facilitando herramientas y recursos que contribuyan a la internacionalización de la ciencia y la competitividad de la industria.

Sus fines específicos se detallan en el artículo 7 de sus Estatutos, a cuyo cumplimiento se dirigen todas las actividades realizadas por FECYT, con la finalidad general de coadyuvar a la consecución de los fines del Ministerio de Ciencia e Innovación.